沙漠矿洞是无限层的，没有层数限制，区别于深山北部的矿井只有120层上限，不过据说作者在设计地下矿洞时采用的是32位数随机生成的地下迷宫，对于普通玩家来说没有最高层数，是无限的，但通过数学能计算出总层数是2的31次方-1层再减去普通矿井的120层，即等于2147483527层。在实际游戏中，部分玩家达到过1万+的层数，而据说某博主创下了历史，达到了一亿+的层数，越往后铱矿出现的几率越高。
沙漠矿井3000层的模样
星露谷物语沙漠矿洞介绍沙漠矿洞即骷髅洞穴，位于沙漠的西北边，最开始是被锁住的，需要头骨钥匙才能进入。与矿井类似，玩家通过在每一层找到梯子、开采石头或击败敌人来前往骷髅洞穴的下一层。玩家有时可以找到一个竖井，这样就可以跳过 3-15 层。生成梯子的时候有20%的概率变为竖井。如果玩家在某次骷髅洞穴的活动中没有到达第 100 层，而一个竖井被计算出会使玩家跳过第 100 层，那么将会直接跳到第 100 层。
与矿井不同，这里没有电梯来保存进度，但在每一层的起点都有一个梯子，玩家可以离开骷髅洞穴。每次都必须从第一层重新开始。如果玩家在探索骷髅洞穴时耗尽了生命值，他们会在同一天的某个时候在哈维的诊所醒来，急诊手术将被扣除 1000的费用。一些物品也可能会丢失。凌晨 2:00 晕倒将导致玩家损失 1,000或 10% 的资金，以较少者为准。
随着玩家深入骷髅洞穴，找到铱矿石的几率逐渐增加。洞穴中的怪物也有几率掉落矿石和铱锭，以及特殊物品。因为敌人特别强，建议带上熔岩武士刀或银河剑。较高的运气会增加矿石出现概率、物品掉落概率以及梯子/洞口的出现概率。快速下降到有较高几率生成铱矿点的楼层通常比通过探索获得矿石的效率更高。楼梯可以叠加，一个物品栏格可以容纳 999 个楼梯。但即使是盲目地放置楼梯也会花费一些时间，玩家用楼梯下降得越深，他们能用于继续探索的时间就越少。